Ένα από τα πρώτα θαύματα ήταν η διατήρηση του σώματός του άφθαρτου, γεγονός που ενίσχυσε τη φήμη του ως αγίου. Πολλοί άνθρωποι έχουν καταθέσει μαρτυρίες για θεραπείες από ανίατες ασθένειες, ύστερα από προσευχή ή προσκύνημα στον Άγιο. Ιδιαίτερα γνωστή είναι η περίπτωση ενός παιδιού με παράλυση που περπάτησε μετά από προσκύνημα στον τάφο του.
Άλλες μαρτυρίες περιλαμβάνουν εμφανίσεις του Αγίου σε όνειρα και οράματα, όπου καθοδηγεί ή παρηγορεί τους πιστούς. Υπάρχουν επίσης αναφορές για θαύματα που σχετίζονται με ζώα, σοδειές, ακόμα και για προστασία από τροχαία και φυσικές καταστροφές.
Το πιο συγκλονιστικό στοιχείο είναι ότι οι πιστοί αισθάνονται την παρουσία του Αγίου ζωντανή. Πολλοί μιλούν για την ευωδία που εκπέμπει το σκήνωμά του ή για την γαλήνη που νιώθουν όταν τον επισκέπτονται. Ο Άγιος Ιωάννης ο Ρώσος δεν είναι απλώς μια ιστορική μορφή· είναι ένας ζωντανός Άγιος που συνεχίζει να ενεργεί ανάμεσά μας.
